根據廢物種類，危險廢物運輸的方式，運輸路程長短的不同，對廢物的包裝要求也有很大差別。過度的包裝無疑會增加廢物處置的總體成本，不符合要求的包裝又會給運輸帶來更大的風險。特殊危險廢物的包裝應按特殊規定執行。比如，醫療廢物、多氯聯苯的包裝等。

汽車可以進行直接的裝卸的收集和運輸，具有便于適應情況變化的靈活性。而且初期投資和使用成本也較低，駕駛人員也好調配，是使用多的方式。但是汽車運輸易受道路交通情況影響，受高速公路路況、路線可變性大、天氣、日夜、司機身體狀態等綜合因素的影響，并伴有汽車尾氣、噪音、振動、破壞沿線環境的問題，隨著運輸距離增大，存在著運輸效率下降的問題。

船舶可以長距離運輸大量貨物，同其他運輸方式相比，也比較便宜。優點是很少受陸地交通影響，適合海邊企業向海邊處置廠運輸廢物。缺點是危險廢物運輸方式受天氣影響，貨物的裝卸和航運費時費事，設施整治投資巨大，港灣地區建設轉運站受到一些法律的制約。

鐵路運輸可以在全國的集裝箱車站運輸危險廢物，優點是比較安全且運輸量大，遠距離、大量運輸時有明顯優勢。缺點是受到車輛運行時間的限制，且量少的危險廢物很難利用，對貨站的要求較高，轉運手續復雜，個別特殊危險廢物運輸禁運等問題。

個別國家直管大型企業都有內部鐵路線，與國家公共鐵路之間貨物轉運交接還尚未規范，擔心由于危險廢物專業管理人員無法介入轉運過程，由無經驗的工作人員進行轉運操作，存在一定的二次污染和人身健康危害的風險。